В статье рассматриваются теоретические аспекты и особенности микроэкономической динамики, объектом исследования которой выступает экономическое неравновесие, а основной категорией - изменения. Уточняются объективные и субъективные причины, обуславливающие непрерывные изменения соотношений между экономическими элементами и связей между ними. Обращается внимание на мотивы и поведение предпринимателя-товаропроизводителя, которое предопределяется отношениями, складывающимися на рынке в зависимости от способности фирмы оказывать воздействие на рынок товара, в том числе за счет увеличения объемов производимой продукции, которое ограничено спросом и размерами используемого основного капитала. Цель исследования заключается в установлении тенденций изменения соотношений экономических элементов, при увеличении основных фондов на предприятиях пищевой промышленности в региональном АПК. Выдвинуто предположение, о том, что одними из основных динамических факторов экономического неравновесия, на предприятиях пищевой промышленности регионального АПК, в условиях несовершенной конкуренции, являются накопление и предельная эффективность основных фондов. Предложена методика определения предельной эффективности основных фондов на микроэкономическом уровне. Установлено, что темп роста основных фондов и их предельная эффективность имеют волнообразный, обратимый характер, а цикличность микроэкономической динамики связана с механизмом колебаний производительности основного капитала. Результаты исследований могут быть использованы при разработке региональных, отраслевых и корпоративных программ экономического развития в АПК.